El ajiaco bogotano se prepara de diferentes maneras, generalmente con los mismos en distintas proporciones, aunque se puede cambiar el pollo por carne de res.

Se ponen las pechugas o las presas de pollo, las papas, la cebolla larga, sal y pimienta a cocinar en el agua y la leche mezclados, durante unos 45 minutos o 1 hora hasta que las carnes estén blandas y las papas criollas y sabaneras disueltas. Se sacan las pechugas o las presas y la cebolla.

Al caldo se le agregan las mazorcas, que se han cocinado aparte, y se deja conservar a fuego lento hasta lograr la densidad deseada. Se le añaden las guascas 5 minutos antes de servirlo.

Si el pollo se va a servir deshuesado y deshilachado, se agrega al ajiaco en el momento de servirlo o también hay quien lo prefiere aparte. Si las presas van enteras, se sirve una porción en cada plato. También se pueden servir las carnes deshilachadas mezcladas con la crema, pues quedan con mejor apariencia.